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随着人们对环境问题的关注和现代农业的推进，农药微生物修复技术将在农药环境污染控制中发挥更大的作用，但在修复过程中也存在以下问题：微生物修复研究在实验室中取得了许多理想的效果，但在土壤污染现场的应用往往达不到预期的效果，甚至与实验室结果相反;
在试验过程中，微生物受外界影响较大;在许多情况下，污染物不能完全降解，可能产生中间产物，有时中间产物的毒性大于母体化合物。在今后的研究中，土壤农药污染的微生物修复技术应从以下几个方面加强：
①筛选、收集和保护污染修复微生物资源。
②微生物对农药降解途径和代谢机制的研究。加强对高残留、危害大、结构复杂的农药(如杂环)和新农药降解途径的研究;加强对农药污染修复过程中涉及的共代谢机制的研究。
③在降解基因筛选和遗传工程的基础上，加快高效修复菌株的建设。
④建立科学合理的生物修复评价指标体系。
⑤加快将理论研究应用于实际生产成果转化。
⑥环境微生物在生态环境中的相互作用及与其他环境生物的联合修复研究。
⑦微生物修复技术与其他环境污染控制技术的结合。
⑧生物修复微生物的分子生物学和分子生态学研究。
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